En 1986 tuvo lugar en Chernobil el desastre nuclear más horroroso de la historia y en 2006 tras ocurrir una serie de extrañas explosiones se crea una zona militar a la que no se puede acceder. Abundan las historias relativas a enormes trastornos energéticos y sucesos extraños dentro de esta zona en la que sólo se atreven a entrar los más locos y temerarios. Tras haberte encontrado inconsciente en esta zona, te conviertes en un S.T.A.L.K.E.R., un mercenario que trabaja para científicos y otros grupos secretos buscando artefactos, información y tecnología extraños al tiempo que te esfuerzas por recuperar la memoria. Pero no estás solo: S.T.A.L.K.E.R.s rivales, guardias militares, seres mutantes y anómalas criaturas mortales te impiden el paso mientras comienzas a descubrir el misterio relativo a esta zona y tu propia identidad.